La tradizione vuole che l’origine di Appignano derivi dal nome del proconsole romano Pliniano, dal quale il paese avrebbe derivato la propria denominazione. Fonti bibliografiche ci dicono che nel 1220 ed anche in precedenza, Appignano era soggetta ad Osimo, comunità con la quale strinse alleanze confermandone il dominio. Nel 1316 fu poi conquistata da Lipazzo e Andrea Guzzolini, ghibellini osimani inseme alla vicina città di Treia.

A partire dal 1319 (tranne che per una breve parentesi durante la quale Appignano passò sotto la giurisdizione di Cingoli) la Comunità venne sottoposta al dominio pontificio. L’affermazione del comune sembra risalire alla fine del sec. XIV, ma non si hanno informazioni certe.
Il primo podestà di cui si ha notizia è ser Giovanni di Macerata, che nel 1399 ricopriva tale carica attestando la presenza dell’istituto comunale. Dopo un lungo alternarsi di libertà comunale, dominio pontificio, soggezione allo Sforza e dipendenza dai comuni di Osimo e Cingoli, Appignano entrò stabilmente a far parte dello stato ecclesiastico.
Tale assetto, all’interno della generale struttura dello Stato della Chiesa, rimase pressoché inalterato sino all’invasione francese quando Appignano venne assegnato al Dipartimento del Musone, distretto primo di Macerata, cantone di Treia. Con la Restaurazione il Comune fu iscritto nella Delegazione e Distretto di Macerata, nel 1816 quale sede di Governo e dal 1817 sotto il Governo di Treia; dieci anni più tardi, il nuovo Riparto territoriale dello Stato Pontificio confermava l’autonomia comunale variando solamente la giurisdizione territoriale complessiva: Appignano, sede podestarile, apparteneva alla Delegazione di Macerata e Camerino, Distretto di Macerata, Governo di Treia. Nel Riparto territoriale dello Stato pontificiio del 1833 il comune era compreso nella Delegazione e distretto di Macerata, Governo di Treia.
Con l’annessione al Regno d’Italia Appignano entrò infine a far parte della provincia di Macerata.