La chiesa ospita i corpi dei santi martiri Flavia, Giustino, Gaudenzio e dei santi fanciulli Agrippina e Leonzio, trasportati ad Appignano durante i pontificati di Leone XII e Pio VIII.
La Cappella delle Sacre Reliquie, detta anche Cappella dei Santi fu autorizzata il 29 marzo 1829 dal vescovo Giovanni Antonio Benvenuti e avviata nello stesso anno su progetto di Serafino Valentini da Macerata.
La cappella custodisce cinquemila reliquie, raccolte in un artistico tempietto disegnato dallo stesso Valentini. Questo prezioso tesoro spirituale, completo di altare e tempietto, fu donato alla Confraternita della Morte il 24 novembre 1828 dal sacerdote appignanese don Vincenzo Benigni (1771-1846), canonico della Collegiata di Apiro. Due lapidi commemorative, poste rispettivamente sul lato destro e sinistro della cappella, ricordano l’evento.
La cappella fu solennemente inaugurata il 13 novembre 1831. Per tutto il mese di maggio, nel corso del XIX secolo, le reliquie venivano esposte alla pubblica venerazione, richiamando numerosi fedeli.